Pour assurer son fonctionnement l'association dispose d'un conseil d'administration composé de 3 à 7 personnes. Il élit parmi ses membres un président, un trésorier et un secrétaire pour assurer la gestion.
Le bureau pédagogique assure l'analyse et l'application des textes réglementaires, il conçoit les supports de formations et organise la ligne pédagogique de l'association. Il travaille également en lien avec les commissions nationales de la FFMNS.